Unterstellt eine juristische Person die Leitung ihrer Gesellschaft einem anderen Unternehmen, so führen die auf diesem Beherrschungsvertrag beruhenden umfassenden Weisungsrechte zur organisatorischen Eingliederung. Umsatzsteuer aus Rechnungen des beherrschten Unternehmens wird daher ab Handelsregistereintrag des beherrschten Unternehmens bei dem herrschenden Unternehmen erfasst. So entschied der Bundesfinanzhof (Az. V R 7/16).
Die Klägerin schloss mit notariellem Vertrag vom Oktober 2007 als herrschendes Unternehmen mit der in Gründung befindlichen C-GmbH einen Beherrschungs- und Ergebnisabführungsvertrag, der im Dezember 2007 im Handelsregister eingetragen wurde. Das Finanzamt setzte für Geschäfte der C-GmbH vor und nach der Eintragung Umsatzsteuer gegenüber dem herrschenden Unternehmen fest, da es sich um eine umsatzsteuerliche Organschaft handele.
Anders als das Finanzgericht gab der BFH der Klage jedenfalls für die Geschäftsvorfälle vor der Eintragung der C-GmbH ins Handelsregister statt. Die organisatorische Eingliederung mittels eines Beherrschungsvertrages setze dessen Wirksamkeit voraus. Da ein Beherrschungsvertrag den rechtlichen Status der beherrschten Gesellschaft ändere, werde ein zwischen zwei GmbHs abgeschlossener Beherrschungsvertrag erst mit der Eintragung im Handelsregister wirksam.