Der Bundesfinanzhof entschied zur sog. Konzernklausel (§ 6a GrEStG), dass das „herrschende Unternehmen“ und die „abhängige Gesellschaft“ nach dem jeweiligen Umwandlungsvorgang zu bestimmen sind, für den die Grunderwerbsteuer nach dieser Norm nicht erhoben wird (Az. II R 13/20).
Die Klägerin war an einer grundbesitzenden Gesellschaft beteiligt. Gesellschafterin der Klägerin war eine GmbH, deren Anteile wiederum durch eine AG gehalten wurden. Die Beteiligungen bestanden seit mehr als fünf Jahren und betrugen jeweils 100 %. 2011 wurde die grundbesitzende Gesellschaft auf die Klägerin verschmolzen. Dadurch gingen die Grundstücke der Gesellschaft auf die Klägerin über. Das zuständige Finanzamt gewährte dafür die Steuerbegünstigung des § 6a GrEStG. 2013 veräußerte die AG etwas mehr als 25 % ihrer Anteile an der GmbH an einen Dritten. Das Finanzamt vertrat die Ansicht, dass die Voraussetzungen für die Steuerbegünstigung mit Wirkung für die Vergangenheit entfallen seien und erließ einen entsprechend geänderten Bescheid. Das Finanzgericht gab der dagegen gerichteten Klage statt.
Der Bundesfinanzhof bestätigte die Entscheidung des Finanzgerichts. Der durch die Verschmelzung bewirkte Übergang des Eigentums an dem Grundstück unterliege zwar nach § 1 Abs. 1 Nr. 3 Satz 1 GrEStG der Grunderwerbsteuer. Dieser Erwerb sei aber nach § 6a Satz 1 GrEStG von der Grunderwerbsteuer befreit. Nach dieser Vorschrift werde die Grunderwerbsteuer für steuerbare Umwandlungsvorgänge u. a. nicht erhoben, wenn an dem Vorgang ein sog. herrschendes Unternehmen und eine sog. abhängige Gesellschaft beteiligt seien. Voraussetzung dafür sei, dass eine Beteiligung von 95 % fünf Jahre vor und fünf Jahre nach dem Umwandlungsvorgang bestand bzw. weiter besteht. Allerdings müsse die Vor- und Nachbehaltensfrist nur eingehalten werden, wenn sie auch aus rechtlichen Gründen eingehalten werden könne. Die jetzt streitige Rechtsfrage, wer in einem mehrstufigen Konzern als „herrschendes Unternehmen“ und wer als „abhängige Gesellschaft“ anzusehen sei, war bislang noch offen. Der Bundesfinanzhof hat nun geklärt, dass sich dies allein nach dem jeweiligen Umwandlungsvorgang richtet, für den die Steuer nach § 6a Satz 1 GrEStG nicht erhoben werden soll. Wenn danach z. B. in einem dreistufigen Konzern mit Mutter-, Tochter-und Enkelgesellschaft die Enkelgesellschaft auf die Tochtergesellschaft verschmolzen werde, sei die Tochtergesellschaft bei diesem Umwandlungsvorgang das „herrschende Unternehmen“ und die Enkelgesellschaft die „abhängige Gesellschaft“. Nur in diesem Verhältnis müsse die Beteiligung von 95 % vor dem Umwandlungsvorgang bestehen. Die Beteiligung der Muttergesellschaft an der Tochtergesellschaft sei dafür unerheblich.